Der Bereich Bauunterhalt ist zuständig für die Maßnahmen zur Erhaltung, Instandhaltung und Instandsetzung der in der Zuständigkeit des Hochbauamts liegenden Gebäude und Anlagen des Landkreises. Dazu gehören an verschiedenen Standorten in Stadt und Landkreis Schweinfurt neben den Dienstgebäuden der Verwaltung auch Schulgebäude und Sportstätten, das Schullandheim in Reichmannshausen sowie der Bauhof in Niederwerrn mit seinem Stützpunkt in Gerolzhofen.