Von zentraler Bedeutung ist bei der Bearbeitung von Altlasten die Frage der Kostentragung. Das Gesetz geht davon aus, dass die ersten Maßnahmen zur Klärung der Frage, ob eine Altlast vorliegt, von der öffentlichen Hand zu tragen sind. Historische Erkundung und Orientierende Untersuchung werden daher auf Staatskosten durchgeführt.

Steht auf Grund der Ergebnisse insbesondere der Orientierenden Untersuchung fest, dass ein Grundstück belastet ist, sind weitere Untersuchungs- und auch die Sanierungsmaßnahmen durch die Verantwortlichen nach § 4 Abs. 3 BBodSchG zu finanzieren. Vor allem die Verhaltensverantwortlichen, also die Verursacher, und die Zustandsverantwortlichen sind zur Kostentragung verpflichtet; bei letzteren ist die Haftungsbeschränkung des Zustandsverantwortlichen zu beachten.

Zusätzlich stellt die Gesellschaft zur Altlastensanierung in Bayern mbH (GAB mbH) zusätzliche Finanzmittel zur Verfügung, wenn die privaten Verantwortlichen nicht ausreichend leistungsfähig sind. Daneben gibt es das Bayerische Altlastenkreditprogramm, aus dem mittelständische Unternehmen der gewerblichen Wirtschaft zinsgünstige Darlehen erhalten können.

Wird die Sanierung weder von den Verhaltens- oder Zustandsverantwortlichen noch von der GAB mbH getragen, so kommt eine Durchführung im Wege der Ersatzvornahme durch das zuständige Landratsamt in Betracht. Die Kosten trägt zunächst der Landkreis; dieser erhält im Rahmen des Art. 7 Abs. 4 FAG (Finanzausgleichsgesetz) ergänzende Finanzzuweisungen, wenn die Aufwendungen pro Jahr einen Betrag von 2,00 € pro Einwohner übersteigen.

Der Landkreis Schweinfurt hat daher in jedem Jahr, in dem eine Altlastenerkundung oder -sanierung im Wege der Ersatzvornahme durchgeführt wurde und wird, einen Betrag von ca. 234.000 € aufzubringen. Dies hat sich seit 2002 schon auf 702.000 € summiert (Stand 2004), zuzüglich der Vorfinanzierungskosten.